野生紫斑牡丹直接引种驯化、进行观赏栽培时，形成了最早的原始品种。他们的花较小，花型原始（单瓣），按我国喜爱花大瓣重的传统审美标准，这些品种的观赏价值并不高，因而当有更好的品种出现时它们便被淘汰，因而没有可能通过营养繁殖加以流传。现在偶见栽培的原始品种，最有可能是实生苗返祖的结果，或野生植株重新引种驯化后形成，其起源可能是在近代或现代，但其品种性状仍然处于原始演化状态。因此，原始品种从系统起源上讲，是指那些野生植株引种驯化后最早栽培的演化水平最低的品种，它们是后来紫斑牡丹品种群演化发展的基础；但从该品种群目前的品种组成上讲，原始品种也包括了实生苗中出现的观赏性状原始、品种演化水平较低的品种。

    研究发现，紫斑牡丹大多数品种的叶形特征与裂叶紫斑牡丹十分相似。该亚种主要分布在陕西太白山、陕甘交界的子午岭以及甘肃天水等地，并可能沿西秦岭余脉及渭河流域向西曾经一直延伸到兴隆山、马啣山一带。这里正是古丝绸之路必经之地，历史上经济、文化都较为发达，直接引种栽培野生牡丹，并通过寺庙、道观的宗教活动或其它文化及商贸活动加以传播是完全可能的。如洪德元研究认为‘Rock’s Variety’就是从陕西太白山的寺庙由和尚们带到甘肃卓尼喇嘛寺的（洪德元 1998），我们从该品种有时花有粉色、花丝基部紫红等栽培特征，以及甘肃天水一带既有野生紫斑牡丹分布，又是紫斑牡丹品种群原始起源中心之一分析，认为它从这里传入卓尼的可能性更大。近年来在裂叶紫斑牡丹内发现了粉色和粉红色的野生类型，并报道有花盘和花丝变红的情况（定光凯等2002），进一步增加了它作为直接种源在栽培条件下形成不同花色品种的可靠性。从形态和地理分布特征分析，全缘叶紫斑牡丹很可能没有参与西北紫斑牡丹品种的形成。因为它的小叶窄长，边缘多不裂和数量众多等特征与现有栽培品种明显不同，同时它主要分布在甘肃南部的甘、川、陕3省交界地区，这里地域偏僻，交通不便，在古代经济文化发展水平很低，至今还没有观赏栽培牡丹的习惯，当时就更不大可能产生品种的栽培和文化基础。至今分布在河南、湖北的该亚种与甘肃相距遥远，参与西北品种形成的可能性极小，但它们却可能就是中原牡丹中紫斑牡丹血统的来源，这是一个需要进一步研究的问题。据李嘉珏1988和1998年先后在甘肃康县、文县一带和湖北保康及神龙架一带考察，发现有一定数量的全缘叶紫斑牡丹形成的品种存在，但它们都较为原始，观赏价值不高。因此，全缘叶紫斑牡丹没有对紫斑牡丹品种群产生明显的影响，主要是由于外在条件不具备，没有把这一优良种质在育种中的潜力发挥出来。

    紫斑牡丹在品种形成之初，以长安（今西安）为中心的中国牡丹及牡丹文化已发展到很高的水平。从甘肃天水至兰州一带是古丝绸之路的必经之地，经济文化较为发达，不可能不受长安的影响，而且普遍有野生紫斑牡丹分布，具备进行牡丹观赏栽培的各种主客观条件。但是，由于没有像长安那样在政治、经济和文化方面的强势，不可能把周围各地的牡丹收集和种植在一起，形成一个类似唐之长安、宋之洛阳那样的集中栽培观赏中心，而是在甘肃境内从天水至兰州之间丝绸之路经过的渭河流域以及洮河和大夏河流域所在的广大地区，形成了一个紫斑牡丹品种起源的泛原始中心。这也从另一侧面说明和解释了紫斑牡丹栽培分布十分广泛但发展却滞后于中原牡丹的客观历史原因。

 

    从前述零星的各种证据分析，紫斑牡丹至少在唐朝进入观赏栽培并可能形成一些原始品种，宋（金）时期在兰州及临夏等地初步形成一定栽培规模。于是，有好事者不满足于当地的品种，通过商贾和官吏从内地带入了观赏价值较高的中原品种在当地栽培。中原品种由于不能适应甘肃中部干旱、寒冷气候而被淘汰，但它们与当地品种杂交的后代不仅适合当地气候，而且极大地改良了当地品种。于是通过反复杂交选育，花色品种不断增多，经过明、清两代的长期发展，终于形成了一个独具特色的品种群，并相对集中在临夏和临洮一带，形成了一个栽培分布中心。这些品种有的已经失佚，有的则被保留至今，其中有些还冠以中原品种之名，从形态性状上看，它们应该是当地品种与中原品种杂交的后代。我们把这些已经有一定中原品种的基因渗入、形成年代不清的老品种特称之为传统品种，以便与近年选育出的新品种相区别。传统品种除临夏及临洮等地外，还零星分布于甘肃其他地方以及宁夏、青海的一些地方。

 

    在20世纪80年代后，紫斑牡丹作为一个独立的种和品种群逐渐被发现和确立，同时进行了大量的杂交育种工作，选育并命名了一大批新品种。其中规模最大的是陈德忠的兰州和平牡丹园，该园于1968年开始收集当地紫斑牡丹传统品种，通过天然授粉选育新品种；1982年又从菏泽引入中原品种60余个，与当地紫斑牡丹品种进行了大规模的不定向人工混合杂交，把中原牡丹的种质引入紫斑牡丹中，进一步丰富了后者的遗传多样性，选育出了一大批新品种（成仿云，陈德忠1998），但可惜只有其中少数品种近年来才被小批量繁殖。中原牡丹种质渗入紫斑牡丹，不仅是新品种大量产生的直接原因，也是新品种有别于传统品种的重要标志。这些新品种除了每个花瓣基部都有色斑等紫斑牡丹的典型特征外，有些在叶形及花部构造上也表现出部分累死矮牡丹和杨山牡丹的特征，反映了它们通过中原品种对紫斑牡丹产生的间接影响。在新品种选育和命名过程中，受时代思潮的影响，突破了传统的高度重视花朵重瓣性的观念，使一大批更能突出紫斑牡丹特色和观赏价值的单瓣品种入选。另外，在临夏和临洮等地，也有人规模不等地利用传统品种天然杂交的种子，不断从实生苗中选育新品种，临洮县西十里铺苗圃的边宇先生便是其中的佼佼者，他已选育出了许多非常优良的新品种。甘肃奥凯牡丹园林有限公司近年也大量进行紫斑牡丹新品种的杂交选育工作，初步选育和繁殖了一批非常有特色的新品种。